Première Guerre civile tchadienne (1965-1979)

Suite aux émeutes paysannes d'octobre 1965 dans le département de Mangalmé, plusieurs militants du Front de libération du Tchad et de l'Union nationale tchadienne s'unissent en avril 1966 à Nyala (Soudan) pour former une organisation politico-militaire, le Frolinat, visant le régime de François Tombalbaye. Sous la direction d'Ibrahim Abatcha, secrétaire général de l'organisation, le Frolinat implante des maquis dans le Guéra et le Salamat dès 1966 auprès de l'ethnie ouaddaïenne (« 1re Armée ») puis dans le Borkou-Ennedi-Tibesti en 1968 auprès de l'ethnie gorane (« IIe Armée »). Ibrahim Abatcha est tué lors d'un combat le 11 février 1968. Il est remplacé au poste de secrétaire général par Abba Siddick.

Les premières troupes françaises dont une compagnie du 3 e RPIMa, 2 Nord 2501 et 4 Douglas AD Skyraider débarquent le 25 août 1968 pour soutenir l'armée tchadienne. Les rebelles sont repousé alors qu'ils menacent la capitale avec l'appui français, un début de conciliation débute et les forces française repartent le 25 novembre 1968. Mais rien ne se règle et elles devront revenir en avril 19692. Dans une embuscade du FROLINAT, le 11 octobre 1970, on enregistra 12 tués et 25 blessés français contre plus de 60 miliciens tués.

Soutenu par la Libye et recrutant principalement dans les ethnies nordistes musulmanes, le Frolinat est dirigé par des membres de l'ethnie Tédas à partir du début des années 1970. Au sein du mouvement apparaît deux courants opposés, marxiste et islamique, source de tensions à la fin des années 1960, tandis qu’Abba Siddick est de plus en plus contesté. En 1970, Mahamat al-Baghalani, moteur du courant islamique, est exclu du Frolinat et fonde durant l'été une première scission, l'Armée Volcan. En 1971, des combats fratricides opposent la Ire et la IIe Armée. En octobre 1972, sous la direction de Goukouni Weddeye et Hissène Habré, la Ire Armée se sépare du Frolinat pour fonder le Conseil de commandement des forces armées Nord à Gomour. En 1976 c'est au tour du Frolinat - 1re Armée de prendre son indépendance sous la direction de Mahamat Abba Seïd. Le Frolinat - 1re Armée s'implante principalement dans l'est ainsi que l'Armée Volcan, tandis que le Conseil de commandement des forces armées Nord contrôle dans la première partie des années 1970 l'essentiel du Borkou-Ennedi-Tibesti.

Tout le long du début des années 1970. Tombalbaye critique les performances médiocre de l'armée nationale tchadienne dans ce conflit, cela irrite le corps des officiers et dissipé leurs loyautés. Il pratique de fréquentes purges et remaniements. En mars 1975, Tombalbaye ordonne l'arrestation de plusieurs officiers supérieurs, comme suspects dans une tentative de putsch.

Le 13 avril 1975, plusieurs unités de la gendarmerie de N'Djamena, agissant sous la direction initiale de jeunes officiers et du chef d'état-major Noël Milarew Odingar renverse Tombalbaye lors d'un coup d’État. Le chef de l'État est assassiné dans des circonstances obscures. Le 15 avril, l'ancien commandant de l'armée nationale tchadienne, Félix Malloum arrêté le 24 juin 1973, devient président du Conseil supérieur militaire (CSM, organe suprême chargé de diriger le pays, puis chef de l'État quelques mois plus tard.

Suite à l'accord de Khartoum en 1977, Hissène Habré et les Forces armées du Nord s'allient au régime de Félix Malloum. Hissène Habré est nommé Premier ministre le 29 août 1978. Il tente un coup d'État en février 1979, mais n'obtient pas une victoire totale. Goukouni Weddeye, à la tête des Forces armées populaires (originellement constituées de l'union en mars 1978 du Frolinat - Comité militaire interarmées provisoire, de l'Armée Volcan et du Frolinat - 1re Armée), lui vient en aide au mois de février, malgré ses différents avec lui, permettant la chute du gouvernement « sudiste ». En novembre 1979, Goukouni Weddeye, dirigeant des Forces armées populaires, prend le pouvoir et devient président du Gouvernement d'union nationale et de transition, combattu par différentes factions nordistes proche d'Hissène Habré, déclenchant la Deuxième Guerre civile tchadienne.