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Dans les années 1970, il dirigea les Forces armées populaires (FAP), mouvement rival des Forces armées du Nord d'Hissène Habré, les deux étant opposés au régime dictatorial de Tombalbaye. Les FAP sont soutenues par la Libye de Kadhafi, tandis que les FAN sont soutenus par le Soudan.
Après les accords I et II de Kano (mars et avril 1979) et de Lagos (août 1979), un Gouvernement national d'union de transition (GUNT) est créé, avec à sa tête Oueddei1. Celui-ci devient ainsi officiellement président de la République d'abord du 23 mars 1979 au 29 avril 1979, puis à nouveau du 3 septembre 1979 au 7 juin 1982.
Oueddei est accompagné du général Kamougué, à la vice-présidence, et d'Hissène Habré, au ministère de la Défense.
En mars 1980, Habré rompt avec le GUNT et s'empare de N'Djamena. Avec l'appui des forces libyennes, Oueddei parvient à les repousser hors de la capitale. En janvier 1981, il annonce à Tripoli la fusion de son pays avec la Libye, suscitant la réprobation internationale, et particulièrement française 1. En décembre 1981, Hissène Habré, désormais soutenu par la France et les États-Unis, qui considèrent dorénavant le conflit tchadien comme enjeu de la guerre froide, renverse Oueddei.
Il anime le GUNT, gouvernement de l'opposition à la dictature sanguinaire d'Hissène Habré, tout au long des années 80. En 1983, les progrès du GUNT conduisent à l'opération Manta de l'armée française, en soutien à Habré1. Trois ans plus tard, une nouvelle offensive conjointe de la Libye et du GUNT suscite une nouvelle réaction de Paris, avec l'opération Épervier1. En 1987, Oueddei s'exile à Alger. Le 19 août 2009, après 22 ans d'exil, il annonce son retour au Tchad.